Tokat Müzesi, 1926 yılında emekli öğretmen Halis Cinlioğlu'nun çabalarıyla toplanan tarihi eserlerin III.Gıyaseddin Keyhüsrev'in vezirlerinden Muiniddin Süleyman Pervane Bey tarafından yaptırılmış olan H.675(M.1277)  tarihli Gök Medrese'de biraraya getirilmesiyle kurulmuştur.

Anadolu Selçuklu devrinde medrese ve darüşşifa olarak kullanılan Gök Medrese, iki katlı, iki eyvanlı, revaklı, ortası açık avlulu plan tipindedir. Yapının Gökmedrese adını almasına neden olan çiniler, avluya bakan cephelerde yer almaktadır. Ana eyvan duvarları ve üst kat revaklarının kemer içleri patlıcan moru, lacivert ve firuze renkli çinilerle yazı, geometrik ve bitkisel bezemelerle süslenmiştir. Anadolu Selçuklu taş süsleme örneğini yansıtan taçkapı; iki renkli taş kullanılarak inşa edilmiş, geometrik ve bitkisel bezemeli bordürlerden oluşan bir süsleme programına sahiptir.

Gök Medrese, 1982 yılında restorasyon, çevre düzenlemesi, sergileme çalışmalarıyla müze olarak arkeolojik ve etnografik eser koleksiyonuyla tekrar ziyarete açılmıştır.

Müzede; 3783 adet Arkeolojik , 2595 adet Etnografik , 29760 adet Sikke olmak üzere toplam 36138 adet eser sergilenmektedir.

Sergileme odalarında Masat Höyük (Zile) kazısında gün ışığına çıkarılan Eski Tunç, Hitit, Demir Çağına ait mimari kalıntılar, kemik, maden, taş, pişmiş toprak eserler, Hanözü sondaj kazısı eserleri ile Hıristiyanlık eserleri ve etnografik eserler alır.

Tarihi değerleri anlamında çok önemli olan sikkeler ve süs eşyaları da müzenin nadide eserleri arasında bulunmaktadır. Müzede Anadolu medeniyetleri eserlerinin ve Ulutepe (Turhal) kazısı buluntularının yanı sıra Roma ve Bizans devirlerinin eserleri de sergilenmektedir.

Müzenin arkeolojik nitelikteki eserlerini; seramik, cam ve maden malzemelerden yapılmış mutfak eşyası kaplar, testiler, amphoralar, maşrapalar, parfüm ve gözyaşı şişeleri, tanrı-tanrıça heykelleri, çivi yazılı tabletler, takı ve süs eşyalarıyla okucu, mızrakucu, balta gibi silahlar oluşturmaktadır. 

Anadolu'nun Tokat çevresine ait yaşam birikimini yansıtan etnografik eserler, geleneksel giyim, günlük kullanım eşyaları gibi ögelerle zengin bir koleksiyon halinde sergilenmektedir.

Etnografik nitelikli eserler olarak Tokat tarihine özgü bakırcılık, yazmacılık, dokuma, tekstil, halı, kilim, giyim-kuşam, erkek ve kadın takıları, aydınlatma araç-gereçleri, kapı tokmakları, silahlar, barutluklar, hamam ve mutfak eşyalarıyla Osmanlı Dönemine ait tarikat eşyaları, el yazması kitaplar ve yazı takımları bulunmaktadır.

Sikkeler: Hellenistik Dönemden Osmanlı İmparatorluğu’nun sonuna kadar bütün medeniyetlere ait şehir sikkeleriyle çeşitlilik açısından oldukça geniş bir koleksiyona sahiptir.
Kolleksiyonunun büyük bölümünü 1982 yılı Niksar Leylekler Çeşmesi Kazısında bulunan Selçuklu definesi oluşturmaktadır. Tamamı gümüş sikkelerden oluşan bu definenin önemi, sayısal açıdan büyük olmasının yanı sıra basıldığı şehirler ve ait olduğu sultanların çeşitliliğinden de ileri gelmektedir.
Sikke koleksiyonunun diğer önemli bölümünü ise 1985 yılında bulunan Osmanlı ve Venedik altın sikkeleri oluşturmaktadır.