Antakya'nın - eski adıyla Antioch kentinin - Büyük İskender'in generallerinden Babil Satrabı Selevcos tarafından kurulduğu söylenir. Daha sonra Roma İmparatorluğu'nun bir eyaleti olan Antakya, o dönemlerde Roma ve İskenderiye'den sonra dünyanın üçüncü büyük kenti olmuştur.
Kentin tarihte önemli bir yerleşim yeri olması, çeşitli yolların ve kültürlerin kesiştiği bir konumda bulunması, beraberinde tüm bu zenginliğin sanat eserlerine de yansımasını sağlamıştır.
Mittaniler'den Hititler'e, Asurlar'dan Urartular'a, Roma İmparatorluğu'ndan Bizans'a kadar tüm bu uygarlıkların sanat anlayışlarını yansıtan tarihi eserleri Antakya arkeoloji müzesinde görmek mümkündür.
İlk olarak 1948 yılında açılan Hatay Müzesi, 1969-73 yılları arasındaki ilavelerle genişletilmiştir. Bu haliyle müze  hol, sekiz büyük salon, revaklar ve bahçeden oluşmaktadır.

Yapılan kazılar sonucunda ortaya çıkarılan mozaiklerin sergilendiği Arkeoloji Müzesi'nde  18100 adet arkeolojik eser, 1050 adet etnografik eser, 13820 adet sikke ve 1347 adet mühür olmak üzere toplam 34317 adet eser mevcuttur.

Mitolojik dönemlerin resmedildiği toplamda 1.250 metrekareye yakın mozaikleriyle dünyanın ikinci büyük Mozaik Müzesi konumundadır.
Prehistorik, Helenistik, Roma ve Bizans dönemlerini yansıtan diğer birçok tarihi eserin de yer aldığı müzede, dünyanın üçüncü büyük sikke koleksiyonu bulunmaktadır.

Müzede sergilenen mozaikler; sayılarının çokluğu, kalitesi ve büyüklüğü açısından dünyadaki tarihi eserler arasında çok önemli ve değerli bir yerde durmaktadır.
Müzede 120'ye yakın mozaik, panolar halinde geniş salonlarda ve duvarlarda sergilenmekte,  70'e yakın mozaik ise mekân sıkıntısından dolayı depolarda bekletilmektedir.

Roma ve Bizans dönemlerinde evlerin, hamamların saray odalarının tabanlarını ve duvarlarını süsleyen mozaiklerde çeşitli konular işlenmiştir. Hristiyanlığın kabul edildiği döneme kadar yapılan mozaiklerde mitolojik kahramanlar, efsaneler, tanrılar, tanrıçalar ve kahramanların başlarından geçen olaylar sahnelenmiştir. Bu mozaiklerin çoğunda Zeus, Tethys Okeanos, Apollon, Psykhe, Eros, Satyros, Aphrodite, Baccus gibi bilinen mitolojik kahramanların başlarından geçen olayların konu edildiği görülmektedir. Sudaki yansımasına âşık olan Narkisos'un, kendisine âşık Apollon'dan kaçan peri kızı Daphne'nin, güçlü ve gözü pek Herkül gibi birçok mitolojik kahramanın başından geçen olaylar mozaiklerde sahnelenmiştir.
Hristiyanlığın kabul edilmesiyle birlikte mozaiklerde mitolojik öğeler azalmış, daha çok mevsimleri ve dini konuları içeren mozaikler yapılmaya başlanmıştır.

Müzede sergilenen mozaiklerden bazıları;
Soteria Mozaiği, Dansözler Mozaiği, Apollon & Daphne Mozaiği ,  Sarhoş Dıonysos Mozaiği, Narkisos Mozaiği, Thalassa Mozaiği, Tarsus Mozaiği , Pyskheler Kayığı Mozaiği, Büfe Mozaiği , Havuz Başında Tavus Kuşu Mozaiği, Orpheus Mozaiği